丨全基因组进化树及遗传多样性剖析
通过对26个样本举行三代+二代测序，gai研究乐成组装了32条完整的HAdVs基因组序列，被归类为HAdV-B、C和E三类。进化剖析展现了HAdV-B类包罗B3、B7和B55三个基因型，而HAdV-C类则包罗C1、C2和C5三个基因型。值得注重的是，S9样本中存在两条35 Kb左右的长contig，且被划分为差异的系统发育分支，批注它们的进化轨迹存在差异，而且提醒S9样本可能存在混淆共熏染的qing况。在遗传多样性方面，gai研究发现HAdV-C在六邻体基因（hexon）、纤维基因（fiber）和E3基因区域中展现出显著的高多样性。在基因组的其他区域，HAdV-C的遗传多样性低于HAdV-B。
图1 HAdVs全基因组进化树及多样性剖析
丨S9样本混淆熏染的验证
通过盘算机模拟限制性内切酶剖析，gai研究发现S9样本的两条contig与已知的HAdV-C5和HAdV-C2参考基因组存在显着的遗传相似性。随后的序列比对剖析显示，全基因组同源性划分高达98.68%和99.69%，而且在关jian病毒核衣壳基因（Hexon,?Penton, Fiber）序列中存在很高的相似性。以上效果证实了S9样本中腺病毒混淆熏染的重大性，还展示了混淆组装的优势，对于病毒菌株的准确基因分型和展现病毒熏染的重大性至关主要。
图2 S9样本混淆熏染研究
丨腺病毒基因的一致性及多样性剖析
HAdV-B、C和E中，Hexon、Fiber、E3基因的进化树剖析效果与全基因组高度一致，而在Penton、E1A、E1B、DNA pol和E4基因区域，HAdV-C显示出较低的遗传多样性，未形成清晰的分支。核苷酸一致性剖析进一步确认了HAdV-C在E1A、E1B、DNA pol、Penton和E4基因区域的高度遗传守旧性，而Hexon、Fiber和E3基因区域则体现出较低的核苷酸同源性和较高的多样性。同义/非同义突变剖析显示，HAdV-B和HAdV-C的大部门基因Ka/Ks比小于1，批注它们主要处于纯化选择下。然而，HAdV-C E4基因的Ka/Ks比值大于1，体现存在正选择作用，zeng强病毒对宿主的顺应性。这种zeng强可能是通过调治宿主细胞功效、促进病毒DNA复制及RNA加工历程来实现的。
图3 HAdVs基因多样性、一致性及突变qing况剖析
丨重组剖析
重组是HAdV进化的主要驱动力之一，可能影响病毒的宿主顺应性和撒播能力。在本ci组装获得的基因组中，HAdV-C的重组网络比HAdV-B更为重大，而且识别出了更多的重组事务。重组断点遍布整个基因组，特殊是在HAdV-C中，Hexon和Fiber基因区域存在两个显着的重组热门。此外，S9样本的重组剖析显示，S9-contig1可能是一个涉及C5参考菌株和S9-contig2的重组序列。
图4 HAdVs重组剖析
丨共线性和GC含量剖析
共线性剖析展现了HAdV-B和HAdV-C同种内菌株序列的高度相似性，这一发现为明确腺病毒的遗传稳固性提供了主要线索。GC剖析批注，基因组中容易发生同源重组的区域，GC含量显着较低，特殊是在Hexon、E3、Fiber和E4基因区域。这些区域不仅核苷酸多样性高，而且照旧重组的热门区域。
图5 HAdVs共线性及GC含量剖析